3. Is het 'Hij zegt dat hij zal komen' of 'Hij zegt dat hij komen zal'?

Beide vormen zijn goed.

Een persoonsvorm (zal, heeft, enz.) kan in een bijzin voor of achter een ander werkwoord staan.

1.   Hij zegt dat hij zal komen of komen zal.

2.   Hij zegt dat hij gebeld heeft of heeft gebeld.

De persoonsvorm voor of achter een ander werkwoord in de zin geeft geen verschil in betekenis, zoals te zien is in zin 1 en 2. Vroeger werd de variant met de persoonsvorm aan het einde wel eens afgekeurd omdat die volgorde te veel aan het Duits deed denken. Het zou een germanisme zijn. In het Duits komt de persoonsvorm altijd achter het werkwoord. De volgorde komen zal of gebeld heeft kwam inderdaad meer voor in het oosten van Nederland, maar is daarmee nog geen germanisme.

Als het niet om twee werkwoorden gaat, kan het omdraaien van de woorden wel betekenisverschil geven. Vergelijk de volgende twee zinnen:

3a.   Hij zei dat zijn taak was beperkt. (door zijn baas)

3b.   Hij zei dat zijn taak beperkt was.

Als beperkt en was beide werkwoorden zijn (3a), verschillen de zinnen niet in betekenis. In 3b kan beperkt echter ook als bijvoeglijk naamwoord worden opgevat, in plaats van als voltooid deelwoord. Het bijvoeglijk naamwoord heeft in deze zin de betekenis 'klein'. De persoonsvorm (was) moet dan achter het bijvoeglijk naamwoord (beperkt) staan. Je kunt immers niet zeggen Hij zei dat zijn taak was klein.

Zie voor meer informatie de Schrijfwijzer, paragraaf 6.3.5.