Er is geen betekenisverschil, het gaat om een verschil in gebruik.

deelnemen aan

meedoen
Wie nemen er allemaal deel aan het overleg?

deelnemen in

meedoen (financieel)
Wat is de beste manier om deel te nemen in startende ondernemingen?

Het hiervan afgeleide zelfstandig naamwoord deelnemer laat zich soms ook combineren met van. Het onderscheid met aan blijft dan wel heel subtiel. Als je deelnemer bent van een overleg, dan is dat ergens zo geregeld. Dat behoeft niet het geval te zijn bij een deelnemer aan een overleg.