Er is geen betekenisverschil, het gaat om een verschil in spelling.
Gelet op de betekenis — 'stoffen door verdamping scheiden'; letterlijk: 'laten afdruipen' — heeft destilleren iets betere papieren. Want hier staat het Latijnse de, 'vanaf', voor de Latijnse druppel (stilla).Maar die e 'verkleurt' in gesproken taal naar de i; vandaar ook distilleren.
Er zijn meer woordparen waarbij een klein verschil in spelling geen betekenisverschil geeft. Voor een overzicht van deze woordparen kijkt u bij aambeeld / aanbeeld.