Er is een betekenisverschil.

geheim

iets dat voor anderen verborgen wordt gehouden
Weet je wat het geheim is van een goed huwelijk? Elkaar elke dag wat gunnen.

mysterie

iets dat een mens niet helemaal kan begrijpen
Het ontstaan van de aarde zal wel altijd een mysterie blijven.

Een geheim kan ontdekt worden, is dus in principe kenbaar, maar een mysterie is niet kenbaar. Dus in het boek Het geheim van het verdwenen mysterie kan het geheim worden opgelost, maar het mysterie niet. Wel is er een kleine overlap in betekenis. Omdat een geheim verborgen is, is het moeilijk te doorgronden. Die betekenis licht op in Wat is toch het geheim van hun liefde? Maar sterker dan 'moeilijk te doorgronden' is 'niet te doorgronden'. En die betekenis licht op in Al sinds de oudheid bezingen dichters het mysterie van de liefde over de dood heen.