Er is geen betekenisverschil, het gaat om een verschil in gebruik en stijl.
beenderen
geraamte (vaak iets grotere botten)
Hier zijn vorig jaar de beenderen van twintig slachtoffers opgegraven.
botten
geraamte
Hij viel maar brak niets; hij heeft kennelijk sterke botten.
Met beenderen worden vaak iets grotere botten bedoeld. (Het woord been heeft ook de betekenis van onze onderste ledematen.) Daarom spreken we niet zo gauw over de beenderen van een kip. En beenderen wordt niet gebruikt in een culinaire context. We kluiven geen kippenbeenderen.
Ook lijkt er stijlverschil: beenderen is iets ouderwetser, iets plechtiger. Maar in andere gevallen kunnen beide woorden worden gebruikt: het klinkt niet bot wanneer je schrijft over het opgraven van botten van mensen.
Onze taal zit toch vreemd in elkaar. Woorden genoeg: geraamte, skelet, en ook nog karkas (geraamte van een kadaver, een dood dier). En zelfs nog een oud woord knook. En bij bot nog allerlei andere betekenissen: 'soort vis', 'soort worm', 'knop', 'stomp', 'ongevoelig' en zelfs 'robot'.
Maar toch geen duidelijk verschil tussen beenderen en botten. Het had zo makkelijk gekund: beenderen voor mensen, botten voor dieren. Dan maar niet.